AMR Surveillance using Innovative Sampling

Un projet de JPIAMR ayant pour objectif de développer une stratégie de surveillance de l'antibiorésistance (AMR) dans le contexte One Health, applicable dans les pays à revenus élevés, moyens ou faibles.

Plutôt que de recourir à l'approche traditionnelle consistant à estimer la prévalence de l'AMR puis à classer les populations ou les lieux comme ayant une prévalence « élevée » ou « basse » d'AMR, OASIS met en application la méthode d'échantillonnage LQAS (Lot Quality Assurance Sampling).

Coordination: Amsterdam Institute for Global Health and Development

Informations sur le projet

OASIS a pour objectif de développer une stratégie de surveillance de l'antibiorésistance (AMR) dans le contexte One Health, applicable dans les pays à revenus élevés, moyens ou faibles. La stratégie proposée remet en question la dépendance à l'égard de la surveillance de l'AMR par les laboratoires pour atteindre les objectifs du Plan d'Action Global sur l'AMR .

L'usage inapproprié des antibiotiques est un facteur déterminant de l'AMR. Les programmes de gestion de l'utilisation des antibiotiques cherchent à réduire les usages inappropriés en incitant à l'adoption d'une approche basée sur les preuves pour la prescription des antibiotiques. La connaissance de la prévalence de l'AMR est centrale pour cette méthode, et donc pour la conception et l'implémentation de programmes de gestion de l'utilisation des antibiotiques. Les estimations de prévalence de l'AMR chez les humains comme chez les animaux présentent les mêmes défauts : un biais de sélection dans les échantillons soumis aux tests d'efficacité des antibiotiques, et une absence d'informations pertinentes au niveau local car les données sont agrégées au niveau national ou régional. La base de preuves nécessaire a besoin d'études de prévalence de l'AMR sur des populations. Toutefois, les études traditionnelles sont coûteuses en temps et en moyens, et elles ne permettent pas d'identifier les variations locales de la prévalence de l'AMR en raison des limitations en matière de taille d'échantillon.

OASIS, plutôt que de recourir à l'approche traditionnelle consistant à estimer la prévalence de l'AMR puis à classer les populations ou les lieux comme ayant une prévalence « élevée » ou « basse » d'AMR, met en application la méthode d'échantillonnage Lot Quality Assurance Sampling (LQAS). Cette méthode fonctionne avec des échantillons de taille plus réduite, et se trouve parfaitement adaptée pour une surveillance de l'AMR basée sur la population.

Le projet valide pour la première fois l'approche de la surveillance de l'AMR basée sur la méthode LQAS par rapport aux études d'AMR classiques dans le domaine vétérinaire. Il fournit en outre la preuve que l'agrégation des résultats LQAS (qui sont constitués d'un ensemble de classifications « élevée » ou « basse ») peut servir d'estimation valide des résultats d'une étude de prévalence conventionnelle de l'AMR (qui sont des estimations de prévalence). C'est notamment cette étape de validation qui va faire de la surveillance de l'AMR basée sur la méthode LQAS une stratégie attractive pour le secteur de la santé et pour les responsables politiques, car les résultats basés sur LQAS fournissent les preuves locales nécessaires pour adapter les traitements antibiotiques, tandis que l'agrégation de ces résultats sous forme d'estimation conventionnelle de prévalence de l'AMR offre aux responsables politiques un outil de mesure de l'impact des actions entreprises pour réduire la prévalence de l'AMR aux niveaux local, régional ou national

La partie recherche de l'implémentation d'OASIS fait participer des parties-prenantes spécialisées tout au long du projet afin d'optimiser l'utilisation des connaissances, et de faciliter la traduction des résultats en politiques concrètes.

L'équipe

des Chercheurs

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Abdoul-Salam Ouedraogo

Professor of Bacteriology and Virology

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Christian Berens

Head of Pathogenomic Workgoup

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Christa Ewers

Professor of Infectious Diseases

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Christian Menge

Professor of Microbiology and Immunology

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Chris Pell

Social Scientist

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Constance Schultsz

Professor of Global Health

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François-Xavier Babin

Director of Diagnostics and Health Systems

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Frank van Leth

Associate Professor of Health Sciences Coordinator

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Laurent Raskine

Medical Microbiologist

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Mounerou Salou

Professor of Bacteriology and Virology

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Timo Homeier-Bachmann

Scientific head of the German animal disease notification system

Chefs de projet

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Victoria Cristofoli

Project Manager

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Juliane Gebelin

Project Manager

Domaines

Humains

RAM chez les patients suspectés d'infections des voies urinaires

Vétérinaire

RAM chez les porcs et les poulets de chair arrivant à l'abattoir

L'implémentation

Études en sciences sociales sur la surveillance de la RAM basée sur LQAS

LQAS

L'approche Lot Quality Assurance Sampling (LQAS) est une approche issue de l'industrie, où elle est utilisée pour déterminer rapidement la qualité des produits issus d'un même lot. Cette méthodologie a depuis été adoptée par le domaine de la santé publique comme outil d'évaluation rapide pour certains programmes, par exemple en matière de couverture vaccinale

Le processus comporte plusieurs étapes décrites dans l'illustration ci-dessous.

  1. Délimiter une population à étudier, par exemple un district ou un établissement de santé (lot)
  2. Prélever un sous-ensemble aléatoire d'éléments issus de cette population (échantillon)
  3. Évaluer le résultat recherché pour chacun de ces éléments
  4. Classifier la population comme ayant une prévalence supérieure ou inférieure à un seuil prédéterminé (règle de décision)
LQAS process (copyright: FvL 2019).

Dans le domaine de l'antibiorésistance, le résultat correspond à la prévalence des micro-organismes résistants à un certain antibiotique. Le seuil correspond à la prévalence maximale acceptable de la résistance n'empêchant pas l'utilisation d'un antibiotique comme traitement empirique. Le fait que ce seuil ait été franchi ou non dépend de la règle de décision définie en fonction des paramètres statistiques appropriés.

La publication d'origine (1929) se trouve ici.

Une description directement accessible (1988) est consultable ici.

La publication de nos travaux précédents qui ont déclenché la création d'OASIS sont consultables ici

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Publications récentes

Repenser la surveillance de la résistance aux antimicrobiens: un rôle pour Lot Quality Assurance Sampling.

Notre publication traite de la faisabilité de la méthode LQAS pour la surveillance de l'AMR. Les résultats de cette étude réalisée en …

Organismes de financement

OASIS est financé dans le cadre du 9e appel (diagnostic et surveillance) de Programmation sur l'Antibiorésistance ( JPIAMR ), établie par la Commission Européenne. JPIAMR est une plateforme collaborative mondiale qui rassemble 28 pays dans la lutte contre l'antibiorésistance (AMR) à l'aide d'une approche One Health. Cette initiative coordonne des financements nationaux pour développer la recherche internationale et des activités dans les six domaines prioritaires de l'Agenda de Recherche et d'Innovation Stratégique de JPIAMR : thérapie, diagnostics, surveillance, transmission, environnement et interventions.

Les agences de financement nationales suivantes prennent part au projet OASIS: